Het eerst wat je op zal vallen aan moleculen is dat ze verschrikkelijk klein zijn en dat ze dusdanig klein zijn dat wij ze niet met het blote oog kunnen zien. Zelfs met een standaard microscoop valt een molecuul niet te zien, alleen als je met een elektrononenmicroscoop heel erg inzoomt zal je ze kunnen zijn. Om een voorbeeld te geven van hoe klein die dingen zijn, in een mensen haar (circa 0,1 mm) passen wel meer dan 100.000 moleculen naast elkaar.

Maar er zijn nog kleinere dingen dan een molecuul, die is namelijk ook nog opgebouwd atomen. Het verschil tussen moleculen en atomen is dat een molecuul wel nog dezelfde eigenschappen heeft als de materie die hij maakt. Atomen daarentegen zijn zover verkleint dat ze andere eigenschappen hebben.

Een molecuul is dus weer opgebouwd uit atomen, die zijn dus nog kleiner. Eén molecuul bestaat uit minimaal twee atomen die samen zijn verbonden. Maar het kan ook uit meerdere atomen bestaan, de hoeveelheid atomen bepaald hoe groot de molecuul is. Er bestaan dus moleculen van twee atomen, maar ook van miljoenen atomen. Dit kan dus allemaal erg variëren.

Zoals nu duidelijk is gemaakt bestaat alles uit moleculen en dus ook uit atomen, je kleren, stoel, papier en zelfs de lucht die je inademt. De lucht die wij inademen bestaat uit verschillende moleculen, waaronder zuurstofmoleculen, stikstofmoleculen en koolstofdioxidemoleculen. Dit zijn nog maar een aantal, er zijn namelijk nog veel meer.

Er zijn een aantal stoffen die niet zijn opgebouwd uit moleculen, die hebben alleen maar atomen. Stoffen zoals ijzer en metalen, ijzer bestaat uit ijzeratomen die allemaal met elkaar verbonden zijn. Hierdoor zijn er geen moleculen uit te halen, dit zijn wel echt uitzonderingen. In principe bestaat alles gewoon uit moleculen (en atomen).